云锦用料极为考究，采用桑蚕丝、金线、孔雀羽线织制而成。南京正是织制云锦原材料的主要产地。
织制云锦的主要原材料是桑蚕丝。据《同治上江两县志》等地方志书记载：“秣陵之民善织，江南盛产蚕丝。”“江宁县南乡土地肥沃，以此喂蚕，蚕丝光洁如云，闪闪发光，经过漂染，色泽天然美丽。”
织制云锦的桑蚕丝要经过选丝、染色等工艺环节。南京秦淮河独特的水质为蚕丝的染色提供了很好的条件。蒋赞初（南京大学历史系考古专业教授，资深文物考古专家，南京历史学会名誉会长）编著的《南京史话》介绍：“秦淮河的水中包含有单宁酸成份，酸碱度为7.1度，能够在染色时起到天然的触媒作用，使丝织物增加光泽感。”徐仲杰编著的《南京云锦史》记述：“云锦图案的配色，主调鲜明强烈，具有一种庄重、典丽、明快、轩昂的气势，大多是用大红、深蓝、墨绿等深色作地色（也有黑色作地的，但极少用）。”南京是盛产大红、深蓝、宝蓝、墨绿黑色等颜料植物的地方。《种植学大辞典》记载：“茜草（Rubia Cordi-olia），茜草科，属多年生之蔓长。根可为染红色之染料。”明代南京曾大量种植茜草，即红花。明正德《江宁县志》记载：“红花大坊、红花小坊俱在光泽乡。”现在南京尚存“红花地”街巷。另据顾炎武《建康古今记》云：“红花地在城北，供丝染。”云锦最常用的蓝色、墨绿、黑色，以至染褐色、黄色之植物在南京都大量栽种。
南京云锦区别于其他锦缎的一个重要特色，在于大量用金。九五御帛所用金线是将南京特产的金箔切丝捻线，再织入锦中。云锦妆花工艺专用的扁金，原材料产地就在南京，全国没有第二家。